《火影忍者：究极风暴3》所收录的剧情从六道培因一战结束之后的五影会议开始，一直到第四次忍界大战结束。玩家将能够完整体验原作中各种如鸣人vs尾兽与面具男、五影vs宇智波斑等等的名场面，此外也有根据玩家的选择而触发如鸣人vs佐助等原创剧情。
